เนื่องจาก architecture ของ FreeOTFE จะหาความยืดหยุ่นที่ดีไปยังผู้ใช้ด้วยทางเลือกในการเข้ารหัส

Ciphers

มีการเข้ารหัสถอดรหัสหลายอย่างที่ถูกเพิ่มเข้ามาใน FreeOTFE เช่น

NIST AES ทั้งหมดจะถูกรวม FreeOTFE และรหัสทั้งหมดจะสามารถนำไปใช้กับ Keylengths หลายๆอันที่แตกต่างกันได้

Cipher modes

FreeOTFE เดิมถูกเสนอให้เข้ารหัสโดยใช้ CBC with ESSIV จนกระทั่งจาก v3.00 เริ่มออกมา LRW และความปลอดภัยมากขึ้น (ช้ากว่าเล็กน้อย) XTS mode ที่ซึ่งแทนที่ LRW ใน IEEE P1619 มาตรฐานสำหรับการเข้ารหัสดิสก์

Hashes

ด้วยทางเลือกในการเข้ารหัส FreeOTFE ทำใหเ FreeOTFE มี hash algorithms ที่แตกต่างมากมาย: